蛋白質(zhì)翻譯是一個復(fù)雜的過程。  在過去的幾十年里，科學(xué)家們主要專注于對基因編碼區(qū)的解釋，這可以直接確定蛋白質(zhì)的氨基酸組成。  最近，對非編碼 RNA (ncRNA) 區(qū)域的研究引起了科學(xué)家們的極大興趣，大量證據(jù)表明 ncRNA 活躍地參與了翻譯過程，尤其是非序列依賴的表觀遺傳修飾、RNA-RNA 結(jié)合蛋白 (RBP)相互作用和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。

許多長鏈非編碼RNA（lncRNA）已經(jīng)被鑒定出來，但其功能尚不清楚。 為了進一步研究 RNA-RBP 相互作用作為調(diào)節(jié)翻譯的關(guān)鍵機制，科學(xué)家們開發(fā)了各種技術(shù)來解決這些問題。 最具代表性的技術(shù)是 RNA免疫沉淀測序（RIP-Seq） 和交聯(lián)-免疫沉淀測序（CLIP-Seq），這兩種技術(shù)都是利用RBPs的抗體來下拉結(jié)合RNAs，但在原理和詳細(xì)方案上略有不同。

RIP序列

RIP-Seq 結(jié)合了 RNA 免疫沉淀和高通量測序，其中相互作用的 RNA 通過目標(biāo)蛋白的免疫沉淀被捕獲。  對捕獲的 RNA 進行高通量測序有助于了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動態(tài)過程。

優(yōu)勢

1. RIP-Seq 在解釋各種 ncRNA（例如 miRNA 和 lncRNA）的 RNA-RBP 相互作用網(wǎng)絡(luò)方面具有通用性。

2. 與CLIP-Seq相比，RIP-SEQ不需要進行UV交聯(lián)，操作簡單，保證結(jié)果的可重復(fù)性和準(zhǔn)確度。

3. 覆蓋范圍廣，可在全基因組范圍內(nèi)篩選和鑒定蛋白質(zhì)結(jié)合位點。

4. 高分辨率和高通量測序技術(shù)，可以發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)結(jié)合位點。

應(yīng)用

1. RNA與靶蛋白相互作用的驗證

2. RNA-RBP相互作用網(wǎng)絡(luò)的全基因組鑒定

3. RBP與miRNA、lncRNA等ncRNA的相互作用分析

輝駿生物提供的RIP（RNA免疫共沉淀）服務(wù)分為以下兩種：

1. RIP-qPCR，用于檢測某樣本中的誘餌蛋白和待測RNA是否結(jié)合；

2. RIP-seq，用于篩選某樣本中的誘餌蛋白可以結(jié)合哪些RNA。

RIP-seq服務(wù)優(yōu)勢*輝駿生物

1

十年服務(wù)經(jīng)驗，客戶成果發(fā)表在Nature Methods，Oncogene，Cell Research等高水平期刊上，售后技術(shù)支持將一直保持到客戶發(fā)表文章。

2

對圍繞RNA結(jié)合蛋白開展的整體課題提供全方位指導(dǎo)，包括上下游實驗設(shè)計和結(jié)合蛋白的多方法驗證等。

3

自有分子及細(xì)胞生物實驗平臺，能有效制定并執(zhí)行最優(yōu)的實驗路線。

4

自有蛋白質(zhì)組學(xué)平臺，對微量互作蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力，確?？蛻舭残倪M行下游實驗及投稿。

RNA免疫共沉淀RIP結(jié)果示例

rip qPCR檢測數(shù)據(jù)

RIP組相對于input組的富集圖（% input）

RIP組相對于IgG組的富集圖

RIP技術(shù)實驗客戶文章

1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA.Nature Methods,15(3): 213–220. 2018，IF=28.467. 【研究內(nèi)容】：輝駿生物為作者單位之一，和作者共同開發(fā)了一種捕獲鑒定新生RNA結(jié)合蛋白的全新方法（RICK）。該方法用EU標(biāo)記新生RNA，通過點擊反應(yīng)-生物素-鏈霉親和素系統(tǒng)結(jié)合質(zhì)譜分析，分離鑒定RNA互作蛋白。其中，METTL1和CDK1是兩個RICK獨有的RNA結(jié)合蛋白。 RIP-qPCR、RIP-Seq、CLIP-Seq等實驗進一步證實了它們與非PolyA RNA的結(jié)合，這種結(jié)合在細(xì)胞分化與增殖中發(fā)揮了重要作用。 使用相關(guān)技術(shù)：RIP-qPCR、RNA免疫共沉淀RIP-Seq、RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀技術(shù)

2. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research.2015, IF=13.9. 【研究內(nèi)容】：客戶利用RNA pull down、CoIP等技術(shù)，發(fā)現(xiàn)lincRNA-p21與HNRNPK結(jié)合，并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復(fù)合物，作者通過RIP-qPCR進一步證實了細(xì)胞中存在該復(fù)合物。該復(fù)合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應(yīng)組蛋白，并改變了它們的表達(dá)量，從而進一步影響體細(xì)胞重編程過程。 使用相關(guān)技術(shù)：RIP seq、RNA結(jié)合蛋白免疫共沉淀rip qpcr、質(zhì)譜鑒定

剪輯序列

UV 交聯(lián)和免疫沉淀 (CLIP) 是另一種廣泛使用的方法，用于 體內(nèi) 研究 RBP 與眾多 RNA 靶標(biāo)之間的結(jié)合模式，它揭示了結(jié)合過程的生物學(xué)功能。 其主要原理是基于紫外線照射下RNA分子與RBPs之間的共價結(jié)合，提高了RNA結(jié)合蛋白與相應(yīng)RNA靶標(biāo)的結(jié)合強度。

優(yōu)勢

1、準(zhǔn)確度高，真實反映 分子間的相互作用 體內(nèi) 。

2. 特異性強：紫外線照射不會引起蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)交聯(lián)，同時能夠直接識別RBPs和RNA之間的相互作用。

3、應(yīng)用范圍廣：特別適用于剪接因子、RNA結(jié)合蛋白、miRNA靶點及其相互作用的研究。

應(yīng)用

1. 直接驗證RNA與靶蛋白的相互作用以及準(zhǔn)確的結(jié)合位點

2. RNA-RBP相互作用網(wǎng)絡(luò)的全基因組鑒定

3. lncRNA、circRNA、miRNA 鑒定及功能機制研究 等的 。