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RNA pull-down用于檢測RNA-蛋白質(zhì)、或RNA-RNA之間相互作用的技術(shù)，其基本原理是：利用帶標簽的目標RNA探針與待測蛋白質(zhì)或RNA進行體外或體內(nèi)結(jié)合，通過親和作用將復(fù)合物分離出來，之后采用Western Blot、質(zhì)譜技術(shù)檢測結(jié)合蛋白，或采用qPCR、測序技術(shù)檢測結(jié)合RNA。

RNA pull down可分為體內(nèi)和體外兩種類型：

一、體外RNA pull down：

（1）體外轉(zhuǎn)錄得到帶標記的RNA探針（對照組用反義探針）；

（2）裂解待測樣本；

（3）RNA探針與樣本裂解液孵育；

（4）特異性親和磁珠調(diào)取“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”互作復(fù)合體；

（5）洗脫蛋白質(zhì)或提取RNA進行檢測和分析。

二、體內(nèi)RNA pull down：

（1）制備帶標記的RNA探針或者RNA表達載體（對照組用反義序列）；

（2）將RNA探針或表達載體導(dǎo)入樣本中，其中表達載體可以在生物體內(nèi)轉(zhuǎn)錄生成目標RNA，與某些蛋白或RNA結(jié)合形成互作復(fù)合體；

（3）裂解待測樣本；

（4）采用特異性親和磁珠調(diào)取裂解液中的“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”復(fù)合體；

（5）洗脫蛋白質(zhì)或提取RNA進行檢測和分析。

最常見的RNA標記是生物素，可以采用鏈霉親和素磁珠捕獲生物素RNA及其互作復(fù)合體。但除了生物素標記的miRNA mimic可以直接轉(zhuǎn)染細胞，大部分長鏈RNA無法直接轉(zhuǎn)染到細胞內(nèi)，因此生物素標記的長鏈RNA常常用于體外pull down實驗。

如何完成長鏈RNA的體內(nèi)pull down呢？輝駿生物研發(fā)了一種新的標記方法，利用一段只有16nt的RNA標簽“F2”來標記RNA，再采用與F2具有強大親和力的配體磁珠捕獲互作復(fù)合體。這種標記方法可用于標記各種類型的RNA（lnRNA、mRNA、circRNA、pre-miRNA或pri-miRNA），操作簡單、成本低。

輝駿生物RNA pulldown客戶文章見證實力：

1. Fumarate induces LncRNA-MIR4435-2HG to regulate glutamine metabolism remodeling and promote the development of FH-deficient renal cell carcinoma. Cell Death Dis. 2024.

2. A positive feedback between PDIA3P1 and OCT4 promotes the cancer stem cell properties of esophageal squamous cell carcinoma. Cell Communication and Signaling. 2024.