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識別腫瘤特異性抗原對于開發(fā)和實施個性化癌癥免疫療法至關(guān)重要。這些療法可以利用新抗原或“新抗原”來開發(fā)疫苗，以觸發(fā)腫瘤特異性T細胞反應(yīng)和腫瘤細胞殺傷。或者，新抗原肽可用于過繼細胞療法離體從腫瘤浸潤物或外周血中富集特定的T細胞群，隨后再輸注到患者體內(nèi)。

與其他細胞衍生和加工的肽一樣，新抗原肽通過主要組織相容性復(fù)合體(MHC，也稱為HLA)蛋白呈遞在細胞表面，供CD8或CD4 T細胞識別。新抗原肽是腫瘤特異性抗原，由于與致癌過程相關(guān)的基因組不穩(wěn)定性而產(chǎn)生，并可能顯示與點突變、短indels或基因融合事件一致的序列變化。

新抗原發(fā)現(xiàn)工作流程中的一個限制是新抗原肽的鑒定依賴于全外顯子組測序。因此，通過遵循這一策略，研究者主要關(guān)注編碼區(qū)內(nèi)發(fā)現(xiàn)的突變。最近，來自非編碼序列的肽已經(jīng)在MHC免疫肽組。這些肽來自非典型翻譯和轉(zhuǎn)錄事件，并為新抗原發(fā)現(xiàn)提供了新的機會。

識別非典型腫瘤新抗原的新策略

在最近的一項研究中麻省理工學院和哈佛大學的布羅德研究所核糖體圖譜或Ribo-seq能夠識別非典型HLA結(jié)合肽。在Ribo-seq中，被核糖體保護的mRNA序列被捕獲并深度測序；因此，這種方法允許鑒定正在進行翻譯的序列。

研究人員使用Ribo-seq揭示了在各種腫瘤(包括黑色素瘤、慢性淋巴細胞白血病和膠質(zhì)母細胞瘤)中表達的“新的未注釋開放閱讀框”(nuORFs)衍生肽。

在最近基于新抗原的治療峰會Tamara Ouspenskaia博士分享了她鑒定數(shù)千種nuORFs衍生肽的發(fā)現(xiàn)。通過結(jié)合Ribo-seq和MHC I免疫肽組質(zhì)譜分析，鄔斯賓斯卡亞博士發(fā)現(xiàn)來自翻譯的nuORFs的肽形成了癌癥MHC I免疫肽組的一部分。一些已鑒定的nuORFs來源于注釋的orf的5’和3’序列。

對于這種方法，Ouspenskaia博士首先對正常和癌變的原始樣品和細胞系進行了Ribo-seq分析，使她能夠建立一個預(yù)測翻譯nuORFs的數(shù)據(jù)庫。最終，這個數(shù)據(jù)庫，結(jié)合MHC I免疫肽組質(zhì)譜分析，使她能夠識別正常細胞和癌細胞呈遞的翻譯的nuORFs。

通過這種方法發(fā)現(xiàn)，在各種癌癥樣本中，nuORFs衍生的肽約占MHC I免疫肽組的1.5-2.2%。有趣的是，大約50%的翻譯nuORFs在多個患者來源的癌細胞系中被檢測到，這加強了它們代表特定肽產(chǎn)物的想法。此外，nuORFs被鑒定為攜帶黑色素瘤特異性突變或在黑色素瘤中優(yōu)先表達或過表達。總的來說，這些發(fā)現(xiàn)為研究者拓寬具有癌癥免疫治療潛力的新抗原庫提供了新的途徑。

科研產(chǎn)品

? 哺乳動物細胞表達載體

? 人cDNA克隆庫

? 慢病毒表達載體

? 慢病毒干擾載體

抗體工程服務(wù)

? 單克隆抗體測序

? 抗體從頭測序

? 抗體表達服務(wù)

? 重組抗體表達

實驗試劑盒

? RNA pull down 試劑盒

? GST pull down 試劑盒

? COIP 試劑盒

? Flag 試劑盒